Parisian Master of Research in Computer Science
Master Parisien de Recherche en Informatique (MPRI)

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

cours:c-1-36 [2019/07/12 15:31]
phs [WG4 Atelier “Défricher un sujet scientifique / pratique de l'état de l'art et de la bibliographie” / Th. Chatain]
cours:c-1-36 [2019/09/18 09:43] (current)
phs [WG3 Atelier “Game theory/positional strategies” / S. Le Roux]
Line 3: Line 3:
 **Responsable :** [[http://www.lsv.ens-cachan.fr/~phs/|Ph. Schnoebelen]] **Responsable :** [[http://www.lsv.ens-cachan.fr/~phs/|Ph. Schnoebelen]]
  
-/* + 
-Une **réunion de présentation de ce cours ** aura lieu le **mercredi 12 septembre 2018 de 14h à 16h** en **Salle C402**. +Les ateliers commenceront le mardi 17 septembre 2019
-Les ateliers commenceront le mercredi 19 septembre. +
  
 **Organisation:** **Organisation:**
  
-11 septembre: informations disponibles sur cette page web.+09 septembre: informations disponibles sur cette page web.
  
-17 septembre: envoi de vos préférences pour les 3 ateliers de la première session et les 3 ateliers de la deuxième session. Cf instructions ci-dessous.+16 septembre: envoi de vos préférences pour les 3 ateliers de la première session et les 3 ateliers de la deuxième session. Cf instructions ci-dessous.
  
-18 septembre: décision concernant les inscriptions aux 3+3 ateliers des deux sessions.+16 septembre: décision concernant les inscriptions aux 3+3 ateliers des deux sessions.
  
-19 septembre: début des ateliers de la première session.+17 septembre: début des ateliers de la première session.
  
-14 novembre: début des ateliers de la seconde session.+12 novembre: début des ateliers de la seconde session.
  
 ** Joining a Working Group: ** ** Joining a Working Group: **
  
-On Wednesday 19th, you will be assigned to one of three working groups+On Tuesday 17th, you will be assigned to one of four working groups
 (WG, "Ateliers" in French) and (WG, "Ateliers" in French) and
 you will join a second WG mid November. you will join a second WG mid November.
Line 35: Line 34:
 you think might be relevant. you think might be relevant.
  
-The groups will be defined on Tuesday 18th morning, so we need your +The groups will be defined on Monday 16th morning, so we need your 
-preferences by email **BEFORE TUESDAY 18TH AT 09h00 AM**.+preferences by email **BEFORE MONDAY 16TH AT 09h00 AM**.
 Anyone who fails to submit his/her preferences in time will be assigned last, to remaining slots. Anyone who fails to submit his/her preferences in time will be assigned last, to remaining slots.
  
-*/ 
  
-**Salles du cours: ENS P-S rooms **+/* 
 +**Salles du cours: ENS P-S rooms ** 
  
 C 311: Il n'y a pas de vidéoprojecteur. Il y a un écran mobile. C 311: Il n'y a pas de vidéoprojecteur. Il y a un écran mobile.
Line 49: Line 48:
 C 419: ?? C 419: ??
  
-C 522: ??+C 522: ?? */
  
 ====== Présentation générale ====== ====== Présentation générale ======
  
-Le cours "Initiation à la recherche" (3 ECTS) est une mise en situation dans la position de chercheur. Il se déclinera en ateliers de recherche qui traiteront différents sujets sous la responsabilité d'un encadrant. Chacun des ateliers de recherche vise à développer les compétences suivantes :+Le cours "Initiation à la recherche" (3 ECTS) est une mise en situation dans la position de chercheur. Il se déclinera en ateliers de recherche qui traiteront différents sujets sous la responsabilité d'un encadrant. Chacun des ateliers de recherche vise à développer les compétences suivantes :
  
 - **Faire l'état de l'art d'un sujet:** - **Faire l'état de l'art d'un sujet:**
Line 68: Line 67:
 **Description:** Chaque étudiant suit: \\ **Description:** Chaque étudiant suit: \\
  
-- un atelier 1ère session : du ?? sept. au ?? oct. \\ +- un atelier 1ère session : du 17 sept. au 22 oct. \\ 
-- un atelier 2ème session : du ?? nov. au ?? déc. \\+- un atelier 2ème session : du 12 nov. au 17 déc. \\
  
 Chaque atelier est constitué de 6 séances de deux heures et d’une évaluation qui lui est propre.  Chaque atelier est constitué de 6 séances de deux heures et d’une évaluation qui lui est propre. 
 Les thèmes des ateliers proposés sont détaillés ci-dessous. Les thèmes des ateliers proposés sont détaillés ci-dessous.
  
-**Planning:** chaque mardi après-midi (2 heures) du ?? septembre 2019 au ?? décembre inclus. Les plannings de chaque atelier sont fixés définitivement par le responsable de l'atelier.+**Planning:** chaque mardi après-midi (2 heures) de septembre à décembre. Les plannings de chaque atelier sont fixés définitivement par le responsable de l'atelier
 + 
 +**Salle:** Les salles réservées pour les ateliers sont C311, C402, C419, et C522 du bâtiment Cournot de l'ENS-P-S.
  
 **Évaluation:** L'évaluation est précisée dans le descriptif de chaque groupe de travail. **Évaluation:** L'évaluation est précisée dans le descriptif de chaque groupe de travail.
  
  
-====== Ateliers 1ère session: du ?? sept. au ?? oct. ======+====== Ateliers 1ère session: du 17 sept. au 22 oct. ======
  
  
  
-==== WG1 Atelier “Distributed biology" / M. Függer ====+==== WG1 Atelier “Distributed synthetic microbiology" / M. Függer ====
  
 **Encadrant:** [[http://www.lsv.fr/~mfuegger/|Matthias Függer]]. **Encadrant:** [[http://www.lsv.fr/~mfuegger/|Matthias Függer]].
Line 89: Line 90:
 **Langue:** Anglais  **Langue:** Anglais 
  
-**Salle:** C402+**Salle:** C311
  
-**Mots clés:** biological systems, distributed systems, dynamic systems, convergence, stability+**Mots clés:** distributed systems, microbiology, synthetic biology, circuit design, dynamic systems
  
-**Description:** We will study and analyze biological systems from a distributed computing point of view. Examples +**Description:** The course is organized as a short research project. 
-for such systems are the slime mold Physarumbacterial coloniesetc. +The course starts with a brief introduction into synthetic microbiological systems. 
-The course is organized as a short research project.+We will then study such systems form circuit design and distributed computing point of view. 
 + 
 +Previous knowledge in microbiologycircuit designor distributed computing is not obligatory.
  
 **Les objectifs pédagogiques:** The objective is to learn to work within a scientific team. **Les objectifs pédagogiques:** The objective is to learn to work within a scientific team.
 The team will choose a currently open research question, investigate the state-of-the-art The team will choose a currently open research question, investigate the state-of-the-art
 and try to tackle the question. Work includes: organization of research meetings on and try to tackle the question. Work includes: organization of research meetings on
-existing work and new ideasand writing a research paper together.+existing work and new ideas and writing a research paper.
  
-**Estimation du volume de travail personnel demandé:** Approximately 5 hours per week.+**Estimation du volume de travail personnel demandé:** Approximately 5h/week (2h/week in class).
  
-**Participants:** (9) DSussfeld; RKniazev; CHopper; ThArdoin; L. Brice; A. Riou; D. Salvy; R. San Roman; N. Lichtlé; P. Béaur.+**Participants:** Bourreau Y., Crepon P.-A., Fournis d'Albiat J., Lecroel M., Le Mogne L., Yax N.
  
 **News:** **News:**
   * Don't forget to write me a subscribe mail for the course.   * Don't forget to write me a subscribe mail for the course.
-  * Class shifted to 14.15. 
  
-**Planning:** Group meetings are announced here. Check this page regularly for meeting updates. +**Planning:** Team meetings are announced here. Check this page regularly for updates. 
-  * September 19, 14.00-16.00: Organization and Preliminaries +  * Sept. 17, 14.00-16.00: Organization and Preliminaries 
-      * Initial presentation of research topics+      * Initial presentation of research area
       * Todo until next time:       * Todo until next time:
          * Write me a subscribe mail          * Write me a subscribe mail
-         Read the following papers related to the 3 topics. Be ready to discuss them in class and think about a research question in one of the topics you would like to work on+ 
-           Bonifaci et al., "Physarum Can Compute Shortest Paths", [[https://arxiv.org/abs/1106.0423]] +  Literature: 
-           Afek et al."A Biological Solution to a Fundamental Distributed Computing Problem", [[http://www.cs.tau.ac.il/~nogaa/PDFS/misbios.pdf]] +      * If you cannot access a paper let me know
-           Din et al."Synchronized cycles of bacterial lysis for in vivo delivery", [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5048415/]] +      From class (//lac// operon) 
-  September 26, 14.15-16.00: Discussion of research questions in class +          * Díaz-Hernández and Santillán "Bistable behavior of the lac operon in E. coli when induced with a mixture of lactose and TMG", Frontiers in Physiology, 2010 
-      3 groups formed  +      * Components & tutorials on design: 
-      * Todo until next time+          * iGEM [[http://parts.igem.org/Catalog]]  
-         Reread the paper of your topic in more detail with your specific research question in mind. +      Single cell: 
-         * Find and read related work. +          * Brophy and Voigt "Principles of Genetic Circuit Design", Nature Methods, 2014 
-         Think about what your simulation/proof/... should show+          * Nielsen et al. "Genetic circuit design automationScience2016 
-  October 3, 14.15-16.00: Discussion of research questions &amprelated work in class.  +          * Cello compiler [[http://cellocad.org/about.html]] 
-      Todo until 21Oct: +          Siuti et al. "Synthetic circuits integrating logic and memory in living cells", Nature Biotechnology, 2013 
-         Each group: write first paper draft+          Guiziou et al"Hierarchical composition of reliable recombinase logic devices", Nature Communications, 2019 
-  * October 10, 14.15-16.00: no class. Related workshop (non compulsory): [[http://wendy.paris]] +          Gorochowski et al. "Genetic circuit characterization and debugging using RNA‐seq", Mol Syst Biol., 2017 
-  * October 17, 14.15-16.00: no class. +      * Distributed
-  * October 24, 14.15-16.00: Discussion of drafts in class. +          Liao et al. "Rock-paper-scissors: Engineered population dynamics increase genetic stability", Science, 2019 
-  * October 31, 14.15-16.00: no class+          * Omar Din et al. "Synchronized cycles of bacterial lysis for in vivo delivery", Nature, 2017 Chowdhury et al"Programmable bacteria induce durable tumor regression and systemic antitumor immunity", Nature Medicine, 2019 
-  * November 7, group-wise, 1h each: Group I (13.15), Group II (14.15), Group III (15.15). Feedback on research project and written paper. Location: at LSV seminar room of the 4th floor (entrance of the building right of main entrance of ENS Paris-Saclay, inside go to 4th floor= top, inside left).+          Regot et al"Distributed biological computation with multicellular engineered networks", Nature, 2011 
 +          Sardanyés et al"Computational implementation of a tunable multicellular memory circuit for engineered eukaryotic consortia", Frontiers in physiology, 2015 
 +          Cummings et al"Probability 1 computation with chemical reaction networks", International Workshop on DNA-Based Computers, 2014 
 +          Esvelt et al"A system for the continuous directed evolution of biomolecules" Nature, 2011  
 +          
 +  * Sept. 24, 14.00-16.00: Discussion of research questions in class  
 +   
 +  * Oct. 1, 14.00-16.00: tba 
 +   
 +  * Oct. 10, 14.15-16.00: tba 
 +   
 +  * Oct. 15, 14.15-16.00: Meeting shifted to ... (tba) 
 +  
 +  * Oct. 22, group-wise, 1h each: final presentations
      
  
-**Modalités d'évaluation:** Students will be evaluated based on their involvement during group meetings (50%), +**Modalités d'évaluation:** Students will be evaluated based on their involvement during team meetings (50%), 
-and writeup (50%). +and final writeup (50%). 
-==== WG2 Atelier “Plateformes et algorithmes pour automates finis" / Ph. Schnoebelen ====+==== WG2 Atelier “Loop-elimination in FIFO automata" / Ph. Schnoebelen ====
  
 **Encadrant:** [[http://www.lsv.ens-cachan.fr/~phs|Philippe Schnoebelen]]. **Encadrant:** [[http://www.lsv.ens-cachan.fr/~phs|Philippe Schnoebelen]].
  
-**Langue:** Anglais si demandé+**Langue:** English as soon as one participant is not fluent French speaker. All documents will be in English.
  
-**Salle:** C419.+**Salle:** C402
  
-**Mots clés:** recherche bibliographiquethéorie des automates, expérimentations et évaluations+**Mots clés:** theory of automatacomputer-aided verification of programs.
  
-**Description:** Les participants à cet atelier constitueront une équipe chargée de proposer une plateforme logicielle dans laquelle implémenter et tester des algorithmes de manipulation d'automates finisL’animateur guidera l’équipe lors des réunions hebdomadairesainsi que par des échanges email/chat/.. entre ces réunions.+**Description:** By loop-elimination we mean computing the effect of repeating a sequence of instructions an arbitrary number of times. Loop elimination is possible for FIFO automata (Boigelot & Godefroid 1999, Bouajjanni & Habermehl 1999) and for lossy FIFO automata (Abdulla et al., 2004). The goal of this working group is to try to extend these two results by developping a common generalization. In summary we will tackle an open problem in theoretical computer science. The group will meet weekly and will use emails, chats, .. for exchanges between two meetings.
  
-**Les objectifs pédagogiques:** L’objectif est de faire l’expérience d’un travail de recherche collaboratif et de mieux saisir les particularités de cette façon de travaillerses avantages et contraintesles règles et principes spécifiques. Concernant la recherche en généralon fera l’expérience du travail de bibliographiede communication au sein du groupe, de communication vers l’extérieur. Le problème posé combine des aspects relevant du génie logiciel (évaluation des plateformes existantes)de la programmation (on programmera des manipulation d'automates)ainsi que de l'algorithmique et de la théorie des automates.+**Les objectifs pédagogiques:** The working group will be an opportunity for attacking a research problem while working *as a group*. We will see how tasks like gathering bibliographyunderstanding complex resultsinventing new techniquesvalidating themwriting down proofschecking the proofscan be done collectively.
  
-**Les attentes individuelles et collectives:** On attend de chaque participant qu’il contribue à sa façon et avec ses idées au progrès de toute l’équipe+**Les attentes individuelles et collectives:** It is expected that each participant will contribute his/her ideas, time & energy, ensuring group success
  
-**Estimation du volume de travail demandé:** environ heures par semaine de travail personnel, incluant recherche bibliographique; expérimentations; échanges par email avec l’équipe; contributions aux documents communs+**Estimation du volume de travail demandé:** at least hours per week (including the weekly meetings).
  
-**Le travail sera:** collectif mais l’essentiel du travail s’effectuerapar exemple en binomeen dehors de la réunion hebdomadairehors de la présence des autres membres du groupe+**Participants:** Bonnet P.Durand S.El Husseini A.Gaudin S., Hadjoudj M., Huriot Tattegrain S., Petitjean Q.
  
-**Participants:** (10) L.Buéri; P. Guetschel; Y. Geran; A. Bardes; B. Laboureix; C. Théron; L. Lemonnier; V. Richard; J. PerrinB. Graillot.+**Planning:** Six meeting on Tuesday at 14hstarting Sep 17th.
  
-**Planning:** 6 réunions hebdomadaires le mercredi de 14h à 16hdébut le 19 septembre 2018. (La séance du 31 octobre sera éventuellement utilisée si une séance précédente est annulée.)+**Modalités d'évaluation:** Each participant will receive a mark made of 
 +(50%) the superviser's assessment of his/her contributions to the common project, 
 +and (50%the superviser's assessment of the quality of his/her oral presentations and written material.
  
-**Modalités d'évaluation:** 
-(1) contrôle continu, basé sur les contributions durant l’atelier et hors de l’atelier durant le travail personnel (50%).  
-(2) par ailleurs chaque participant fera une ou deux présentations orales, typiquement un bref exposé éclairé présentant un résultat de recherche, durant les 6 semaines de l’atelier (50%). 
  
- +==== WG3 Atelier “Game theory/positional strategies" / S. Le Roux ====
-==== WG3 Atelier “Game theory" / S. Le Roux ====+
  
 **Encadrant:** [[https://www2.mathematik.tu-darmstadt.de/~leroux|Stephane Le Roux]]. **Encadrant:** [[https://www2.mathematik.tu-darmstadt.de/~leroux|Stephane Le Roux]].
Line 172: Line 185:
 **Langue:** French or English as soon as it is better for one student. **Langue:** French or English as soon as it is better for one student.
  
-**Salle:** C321.+**Salle:** C419
  
 **Mots clés:** Bibliography, search of existing (or new) proofs of famous results, comparison of their respective advantages. **Mots clés:** Bibliography, search of existing (or new) proofs of famous results, comparison of their respective advantages.
  
-**Description:** We will consider von Neumann's Minimax Theorem and Nash's Theorem on equilibriaand identify on which powerful theorems they relyWe will search the literature to find proofs that are simpler than the classical ones, or try to design new ones ourselvesTypically, we will try to replace topological arguments in a continuous world by combinatorial ones in a finite world. Each student will present one existing (part of a) proof to the othersSearch for new proofs will be done by brain storming in the classroom plus thinking at home.+**Description:** We will consider games that are specially studied in computer science: with two players, on (finite) graphsplayed in turnsMany such games have simple winning strategies that are called positional (aka memoryless)We will review (and improve?different proof techniques and present them to each otherWe will write a report of 4-5 pages. 
  
 **Les objectifs pédagogiques:** writing a bibliography; teaching each other via oral presentations and written documents; thinking together via brain storming; comparing the advantages of different proofs of the same theorem; setting scientific objectives; summarizing what we know; Sharing the workload in a fair way. **Les objectifs pédagogiques:** writing a bibliography; teaching each other via oral presentations and written documents; thinking together via brain storming; comparing the advantages of different proofs of the same theorem; setting scientific objectives; summarizing what we know; Sharing the workload in a fair way.
Line 186: Line 200:
 **Le travail sera:** partly individual and partly collective, depending on the team and the specific situations we will face. **Le travail sera:** partly individual and partly collective, depending on the team and the specific situations we will face.
  
-**Participants:** (9) CGeniet; ThHilaire; RMorvan; LI Mengda; C. Mascle; V. Maestracci; E. Plitsis; M. Dufraisse; E. Dezerces.+**Participants:** Callard A., Chanus B., Guermond N., Long Quan, Soulier G
  
-**Planning:** 6 réunions hebdomadaires le mercredi de 14h à 16h, début le 19 septembre 2018. (La séance du 31 octobre sera éventuellement utilisée si une séance précédente est annulée.)+**Planning:** 6 réunions hebdomadaires le mardi de 14h à 16h, début le 17 septembre 2018. 
  
-**Modalités d'évaluation:** Each student will write (part of) an existing proof in their own words (15%) and present it orally to the others (15%); each student is expected to take part in the discussions in the classroom (20%); the students will collectively or individually try to find new proofs (20%); the students will collectively write a short bibliography and a summary of the proofs we will know by the end of the workshop (30%)+**Modalités d'évaluation:**  
 +  - Each group/student will write (part of) an existing proof in their own words (15%) and present it orally to the others (25%)
 +  - Each student is expected to take part in the discussions in the classroom (20%) 
 +  - The students will collectively or individually try to find new proofs (20%) 
 +  - The students will collectively write a short bibliography and a summary of the proofs we will know by the end of the workshop (20%)
  
 +==== WG4 Atelier “Shor's algorithm, and beyond" / C. Fontaine ====
  
-==== WG4 Atelier “??" C. Fontaine ====+**Encadrante:** [[http://www.lsv.fr/~fontaine/|Caroline Fontaine]].
  
 +**Langue:** English as soon as one participant is not fluent French speaker. All documents will be in English.
  
 +**Salle:** C522
  
-====== Ateliers 2ème sessiondu ?? nov. au ?? déc. ======+**Mots clés:** security, quantum cryptanalysis and post-quantum cryptography
  
 +**Description:** Encryption schemes as RSA or AES ensure today's messages confidentiality. In 1994, Peter Shor proposed a surprising algorithm showing that, with a quantum computer, could drastically decrease the complexity of factoring large integers, and thus the complexity of breaking RSA keys. Starting from this article, we will explore when such computers may speed up cryptanalysis, and when they cannot. This study does not require any knowledge in quantum computing nor physics. Depending on how fast and far the work will progress, we can also study some post-quantum encryption schemes. This is a very hot topic in today's research in cryptography. The goal is not to contribute to the state-of-art, but to understand why and how this article, with some others, is strongly modifying current and future cryptographic tools.
  
-==== WG5 Atelier "Défricher un sujet scientifique / pratique de l'état de l'art et de la bibliographie" / ThChatain ====+**Les objectifs pédagogiques:** to explore and build a bibliography, to present articles and ideas to the team, to write a survey, to build a collective understanding and analysis about the core and the impact of the algorithms.
  
-**Encadrant:** [[http://www.lsv.ens-cachan.fr/~chatain|Thomas Chatain]]+**Les attentes individuelles et collectives:** there will be a mix of personal and collective contributions, as we will progress as a team.
  
-**Langue:** a priori français, anglais sur demande+**Estimation du volume de travail demandé:** around 5 hours per week (including the weekly meetings).
  
-**Salle:** C402+**Participants:** Blanc M., Costes M., Dardilhac V., Fievet B., Harington E., Mirwasser S., Rémond U.
  
-**Mots clés:** état de l'artsynthèse, bibliographie, identification de pistes de recherche+**Planning:** Six meeting on Tuesday at 14hstarting Sep 17th.
  
-**Description:** Il s'agit de défricheren binômeun sujet scientifique assez ouvert en faisant une recherche bibliographique, en identifiant les principaux résultats connus et en dégageant quelques pistes de recherche précises avec des problèmes (partiellementformalisés.+**Modalités d'évaluation:** 50% for collective involvement during the discussionsand 50% for personal contribution (presenting/writinglooking for new related articles
  
-**Objectifs pédagogiques:** Ce travail sera l'occasion de pratiquer l'état de l'art et la bibliographie, de se familiariser avec les introductions d'articles scientifiques et de comprendre le fonctionnement d'une communauté (identifier les conférences majeures, les sujets qui intéressent la communauté...)+====== Ateliers 2ème sessiondu 12 novau 17 déc======
  
-**Estimation du volume de travail personnel demandé:** environ 5 heures par semaine de travail personnel, incluant recherche bibliographique; échanges par email avec l’équipe; contributions aux documents communs.  
  
-**Estimation du volume de travail en groupe demandé:** participation à l’atelier hebdomadaire.+==== WG5 Atelier "Understanding a Research Topic / Practice of State of the Art and Bibliography" / ThChatain ====
  
-**Le thème de recherche** sera choisi par les étudiants avec validation par l’enseignant.+**Teacher:** [[http://www.lsv.ens-cachan.fr/~chatain|Thomas Chatain]]
  
-**Participants:**  (10) LI MengdaC. Mascle, V. Maestracci, E. Plitsis, C. Hopper., A.Bardes, M. Dufraisse, L. Lemonnier, P. Béaur, B. Graillot. +**Language:** French by defaultEnglish on request
  
-**Planning:** de 14h à 16h les mercredis. +**Room:** C311
  
-**Modalités d'évaluation:** +**Mots clés:** State of the artsynthesisbibliographyidentification of new research problems
-1/4 recherche bibliographique, +
-1/4 synthèse des résultats et identification de pistes de recherche, +
-1/4 présentation, +
-1/4 rédaction d'une introduction d'article+
  
-==== WG6 Atelier “Cell Fate prediction: The Boolean Approach" / Stefan Haar ====+**Description:** Every group of two students digs, from a recent research article, the state of the art of the research topic, understands and explains the interest of the contribution in regard to the major works in the field. They also propose ideas for new research in the area. 
 + 
 +**Pedagogical objective:** Practice of bibliography and state of the art, become familiar with the style and contents of introductions of scientific articles, understand the life of a scientific community (major conferences, topics of interest...) 
 + 
 +**Workload:** around 5 hours per week in addition to attending the sessions. 
 + 
 +**The research topic** will be chosen by the students and validated by the teacher. 
 + 
 +**Participants:**  Callard A., Crepon P.-A., Durand S., Fievet B., Mirwasser S., Petitjean Q., Rémond U. 
 + 
 +**Planning:** every Tuesday from November 12 to December 17, 14:00-16:00 
 + 
 +**Evaluation:** 
 +1/4 bibliography, 
 +1/4 synthesis of results and identification of research questions, 
 +1/4 presentation, 
 +1/4 write an introduction to an article 
 + 
 +==== WG6 Atelier “Faces of Causality" / Stefan Haar ====
  
 **Encadrant:** [[http://www.lsv.ens-cachan.fr/~haar|Stefan Haar]]. **Encadrant:** [[http://www.lsv.ens-cachan.fr/~haar|Stefan Haar]].
Line 236: Line 271:
 **Langue:** Anglais **Langue:** Anglais
  
-**Salle:** C419+**Salle:** C402
  
 **Mots clés:** bibliographie; bioinformatics **Mots clés:** bibliographie; bioinformatics
  
 **Description:**  **Description:** 
-In this module, the students will study the state of the art in the interdisciplinary field of epigenetic prediction. +Reasoning that gives causal explanations for observed factsrather than logging temporal succession, is central in a number of disciplins where the 'post hoc ergo proper hoc (after this, hence because of this)'-fallacy is inadmissible. At the same time, there is an astonishing variety of  formalisations for 'causal relation' or 'causal history' in the literature on formal methods. The participants are expectedin first round,  to investigate  and present one facet of this domainand then to select one of the problems emerging in the discussion for further investigation. Presenting the findings, and leads for future research if not all questions have been answered, in a second talk will conclude the module. 
-The problem is: derivefrom available knowledge about cell's regulatory networkwhat are the accessible phenotypes, and potentially  what are the factors that decide between those. Based on selected authoritative articles - complemented by their own literature search where appropriate -  from systems biology and from formal bio-informatics (boolean networks)they are expected to cooperate  for preparing a sound and comprehensive in-class presentation of the topic+
  
-**Participants:** (9) RMorvanDSussfeldRKniazevThArdoinP. GuetschelD. Salvy, C. Théron, R. San Roman, E. Dezerces.+**Participants:** Chanus B., Costes M., Dardilhac V., Fournis d'Albiat J., Long QuanSoulier G
  
-**Planning:** 4-5 réunions hebdomadaires le mercredi de 14h à 16h, début le ou 22 novembre 2018 (les dates seront précisées ultérieurement). +**Planning:** 4-5 réunions hebdomadaires le mardi de 14h à 16h, début le 12 ou 19 novembre 2019 (les dates seront précisées ultérieurement). 
  
 **Modalités d'évaluation:**  **Modalités d'évaluation:** 
Line 252: Line 287:
     * 60% présentation (~30min) ou équivalent.     * 60% présentation (~30min) ou équivalent.
  
-**Articles (further reading will be announced later):** 
-    * Andrey Zinovyev, Laurence Calzone, Simon Fourquet and Emmanuel Barillot. [[https://doi.org/10.1007/978-3-642-20164-6_16|How cell decides between life and death: mathematical modeling of epigenetic landscapes of cellular fates]]. V. Capasso et al. (eds.), Pattern Formation in Morphogenesis, Springer Proceedings in Mathematics 15. 
-    * Calzone L, Tournier L, Fourquet S, Thieffry D, Zhivotovsky B, et al. (2010). [[https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000702|Mathematical Modelling of Cell-Fate Decision in Response to Death Receptor Engagement]]. PLoS Comput Biol 6(3): e1000702.  
-    * Demongeot, J. and Goles, E. and Morvan, M. and Noual, M. and Sené, S.,  [[ https://doi.org/10.1371/journal.pone.0011793 
-|Attraction basins as gauges of the robustness against boundary conditions in biological complex systems]]. PLoS One vol.5 no 8, 2010. 
-    * M. Noual & S. Sené . Synchronism vs asynchronism in monotonic Boolean automata networks. 
Natural Computing, 17:393-402, 2018  (Preprint [[https://www.google.com/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=2&cad=rja&uact=8&ved=2ahUKEwiBnKbmp7LdAhVJOhoKHeq-ChIQFjABegQICBAB&url=https%3A%2F%2Fhal.archives-ouvertes.fr%2Fhal-01479438&usg=AOvVaw1lR0edfsI-7lacItDtLp2d|here]]) 
  
-==== WG7 Atelier ";Veille scientifique et logiques de séparation" / S. Demri ====+**References:** (to be completed later, depending on the number of participants and on the nature of their requestspdfs will be provided where available)
  
-**Encadrant:** [[http://www.lsv.ens-cachan.fr/~demri|Stéphane Demri]]+    J. Pearl, D. Mackenzie. The Book of Why. Basic Books, New York. 
 +    Gregor Gössler, Daniel Le Métayer. A General Framework for Blaming in Component-Based Systems. (INRIA report) 
 +    * Eric Fabre, Albert Benveniste:Partial Order Techniques for Distributed Discrete Event Systems: Why You Cannot Avoid Using Them. Discrete Event Dynamic Systems 17(3): 355-403 (2007) 
 +    Prakash Panangaden : Causality in Physics and Computation. 
 +    Javier Esparza, Christian KernReactive and Proactive Diagnosis of Distributed Systems Using Net UnfoldingsACSD 2012: 154-163 
 +    * Eric Fabre: Trellis Processes : A Compact Representation for Runs of Concurrent SystemsDiscrete Event Dynamic Systems 17(3): 267-306 (2007) 
 +    * Paolo Baldan, Roberto Bruni, Andrea Corradini,  Fabio Gaducci, Hernan Melgratti and Ugo Montanari. Event Structures for Petri Nets with persistence. Logical Methods in Computer Science, Vol. 14(3:25)2018, pp. 1–30 
 +    * César Rodríguez, Stefan Schwoon, Victor Khomenko: Contextual Merged Processes. Petri Nets 2013: 29-48 
 +    * Glynn Winskel. Event Structures, Stable Families and Games. ENS Lyon, 2017. 
 +    * Marc de Visme  and Glynn Winskel:      Strategies with Parallel Causes. CSL 2017 & Causal UnfoldingsCalco 2019
  
-**Langue:** a priori Français+==== WG7 Atelier "Autour d’un article scientifique fondateur" / L. Fribourg ====
  
-**Salle:** C321+**Encadrant:** [[http://www.lsv.ens-cachan.fr/~fribourg|Laurent Fribourg]]
  
-**Mots clés:** logique de séparation, bibliographie, présentations, évaluation, comité de programme+**Langue:** Français sauf si anglais demandé
  
-**Description:** Le but de cet atelier est d'étudier des articles publiés en 2018 dans des +**Salle:** C419
-conférences au sujet de questions relatives à la résolution de problèmes logiques +
-concernant la logique de séparation, qui est une famille de langages d'assertion +
-utilisés pour la vérification de programmes avec pointeurs.  On abordera les questions +
-de veille scientifique, d'analyse critique d'articles récemment publiés, du +
-fonctionnement de comités de programmes ou encore de correspondance avec les auteurs.+
  
-**Les objectifs pédagogiques:** en s'appuyant sur des articles fraîchement publiésaborder les +**Participants:** Bonnet P.Guermond N.Hadjoudj M.Lecroel M.Le Mogne L.
-questions de veille scientifiquede la présentation d'un article en 10 minde la +
-présentation d'un article en 30 minutes en insistant sur le panorama des travaux +
-antérieurs et les contributionsde correspondance avec les auteurs, du fonctionnement +
-du mode d'évaluation des articles.+
  
-**Participants:** (10) C. GenietTh. HilaireL. Buéri, L. Brice, Y. Geran, A. Riou, B. Laboureix, N. Lichtlé, J. Perrin, V. Richard.+**Description:** 
 +Le but du groupe de travail està partir d’un article fondateur remontant à une dizaine d’annéesde donner des clés permettant de : 
 +  - comprendre en quoi l’article a effectué une percée dans le domaine 
 +  - identifier certains papiers postérieurs ayant poursuivi significativement l’avancée 
 +  - entreprendre l’écriture d’un survey sur cette lignée de travaux.
  
-**Planning:** Début le mercredi 07 novembre 2018. Pas de séance le 14 novembre (pour avoir assez de temps +La démarche est représentative d’une  activité de base du chercheur  qui  s’intéresse à  un nouveau sujet de recherche,  et examine la littérature pour 
-[pour préparer les premières présentations courtes). 6 séances jusqu'au mercredi 19 décembre inclus.  +  * synthétiser les idées récentes,  
 +  * cerner  les difficultés sur lesquelles on bute  aujourd’hui,  
 +  * dégager des pistes auxquelles il pourrait contribuer.
  
-**Modalités d'évaluation:** +Cette démarche aidera également l’étudiant à exposer synthétiquement son propre domaine  de recherche en affirmant sa hauteur de vue  sur les travaux passés et sa vision des enjeux à venir.
-  * 40%: contrôle continu +
-  * 60%: 2 présentations (~10 min et ~30 min), correspondance éventuelle +
  
-** Articles ** +L’article fondateur étudié cette année est : 
 +F. Cucker and S. Smale.  
 +Emergent behavior in flocks.  
 +IEEE Trans. Automat. Control 52, 852-862, 2007.
  
-  Peter O.Hearn. [[http://www.lsv.ens-cachan.fr/~demri/Marktoberdorf11LectureNotes.pdf|A primer on separation logic]] in Software Safety and Security; Tools for Analysis and Verification, NATO Science for Peace and Security series, vol. 33, pages 286--3182012. +**Planning (indicatif)**: 
-  +  * séance 1 :  je présente le contexte scientifique  dans lequel s’inscrit l’article 
-  * D. Pym, J. Spring, P. O'Hearn. [[http://www.lsv.ens-cachan.fr/~demri/WhySeparationLogicWorks.pdf|Why Separation Logic Works]]. In Philosophy & Technology, pages 1--34, Springer, 2018+  * séance 2 : l’article fondateur est présenté par un binôme et discuté. 
 +  * séances 3-4-5 : quelques travaux remarquables dans le prolongement  de l’article fondateursont identifiés et présentés par des binômes
 +  * séance 6 un panorama de synthèse est rédigé collectivement.
  
-   * X. Bach Le, A. Hobor. [[http://www.lsv.ens-cachan.fr/~demri/bachle-esop2018.pdf|Logical Reasoning for Disjoint Permissions]]. In ESOP 2018, pages 385-414.+==== WG8 Atelier "Game theory/poker games" SLe Roux ====
  
-   C. Bannister, P. Hoefner. [[http://www.lsv.ens-cachan.fr/~demri/BannisterHoefner-RAMICS2018.pdf|False Failure: Creating Failure Models for Separation Logic]]. RAMiCS 2018: 263-279+**Encadrant:** [[https://www2.mathematik.tu-darmstadt.de/~leroux|Stephane Le Roux]].
  
 +**Langue:** French or English as soon as it is better for one student.
  
-   J. Brotherston, M. Kanovich. [[http://www.lsv.ens-cachan.fr/~demri/1803.03164.pdf|On the Complexity of Pointer Arithmetic in Separation Logic (an extended version)]]. CoRR abs/1803.03164 (2018).+**Salle:** C522
  
-   S. Docherty, D. Pym.  [[http://www.lsv.ens-cachan.fr/~demri/docherty-fossacs2018.pdf|Modular Tableaux Calculi for Separation Theories]]. In FoSSaCS 2018pages 441-458+**Mots clés:** Bibliographysearch of existing famous results.
  
-   M. EchenimR. IosifN. Peltier. [[http://www.lsv.ens-cachan.fr/~demri/1804.03556.pdf|The Complexity of Prenex Separation Logic with One Selector]]CoRR abs/1804.03556 (2018).+**Description:** We will start from a simple poker game by von Neumann and Morgensternsearch the literature for more complex variantsand try to understand whether games with imperfect information can always be solved (efficiently)We may try to find or define ourselves a variant that has simple solutions, or implement an existing solution algorithmWe will write a short report.
  
-   C. Gao, T. Chen, Z. Wu. [[http://www.lsv.ens-cachan.fr/~demri/Gaoetal-sofsem2019.pdf| Separation logic with linearly compositional inductive predicates and set data constraints]]. arXiv:1811.00699, November 2018.+**Les objectifs pédagogiques:** writing a bibliography; teaching each other via oral presentations and written documents; thinking together via brain storming; building informative toy examples; setting scientific objectives; summarizing what we know; Sharing the workload in a fair way.
  
-   * Z. Hou, R. Clouston, R. Goré, A. Tiu. [[http://www.lsv.ens-cachan.fr/~demri/Houetal-TOCL2018.pdf|Modular labelled sequent calculi for abstract separation logics ]]. ACM Transactions on Computational Logic (TOCL), 19(2), 2018. 
-  
  
-   J. KatelaanDJovanovic, GWeissenbacher. [[http://www.lsv.ens-cachan.fr/~demri/katelaan-ijcar2018.pdf|A Separation Logic with Data: Small Models and Automation]]. In IJCAR 2018, pages 455-471.+**Les attentes individuelles et collectives:** we are a teami.eindividual work is a basis for collective success.
  
 +**Estimation du volume de travail demandé:** about five hours per week outside of the classroom.
  
-   N. Polikarpova and I. Sergey.  [[http://www.lsv.ens-cachan.fr/~demri/PolikarpovaSergey-arXiv.pdf|Structuring the synthesis of heap-manipulating programs]]. arXiv:1807.07022Juillet 2018.+**Le travail sera:** partly individual and partly collectivedepending on the team and the specific situations we will face.
  
 +**Participants:** Blanc M., Bourreau Y., El Husseini A., Gaudin S., Huriot Tattegrain S., Yax N.
 +
 +**Planning:** 6 réunions hebdomadaires le mardi de 14h à 16h, début le 12 novembre 2018. 
 +
 +**Modalités d'évaluation:** 
 +  - Each group/student will write (part of) an existing proof in their own words (15%) and present it orally to the others (25%).
 +  - Each student is expected to take part in the discussions in the classroom (20%)
 +  - The students will collectively or individually try to find new proofs (20%)
 +  - The students will collectively write a short bibliography and a summary of the proofs we will know by the end of the workshop (20%)
  
-   * Q.-T. Ta and T. Chanh Le and S.-C. Khoo and W.-N. Chin. [[http://www.lsv.ens-cachan.fr/~demri/Taetal-FAC2018.pdf|Automated mutual induction proof in separation logic]]. To appear in Formal Aspects of Computing. 
  
-    
-==== WG8 Atelier "??" / S. Le Roux ==== 
  
      
 
Universités partenaires Université Paris-Diderot
Université Paris-Saclay
ENS Cachan École polytechnique Télécom ParisTech
ENS
Établissements associés Université Pierre-et-Marie-Curie CNRS INRIA CEA