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Initiation à la rechercheResponsable : Ph. Schnoebelen Une réunion de présentation de ce cours aura lieu le mercredi 12 septembre 2018 de 14h à 16h en Salle C402. Les ateliers commenceront le mercredi 19 septembre. Organisation: 11 septembre: informations disponibles sur cette page web. 17 septembre: envoi de vos préférences pour les 3 ateliers de la première session et les 3 ateliers de la deuxième session. Cf instructions ci-dessous. 18 septembre: décision concernant les inscriptions aux 3+3 ateliers des deux sessions. 19 septembre: début des 3 ateliers de la première session. 14 novembre: début des 3 ateliers de la seconde session. Joining a Working Group: On Wednesday 19th, you will be assigned to one of three working groups (WG, “Ateliers” in French) and you will join a second WG mid November. In order to assign students to WGs, we need to know what are your preferences (see descriptions of the WGs below). For this, please send a short mail to phs@lsv.fr stating what is your order of preference between the available options. Something as short as prefer WG1; otherwise WG2 + prefer WG4; otherwise WG5 is fine. Also please let us know if you need the WG to be run in English (we don't yet know all of you) and feel free to add any informations or questions you think might be relevant. The groups will be defined on Tuesday 18th morning, so we need your preferences by email BEFORE TUESDAY 18TH AT 09h00 AM. Anyone who fails to submit his/her preferences in time will be assigned last, to remaining slots. Salles du cours: ENS P-S rooms C 402: pas de vidéoprojecteur, seulement un écran C 311: Il n'y a pas de vidéoprojecteur. Il y a un écran mobile. C 321: vidéoprojecteur OK C 411: salle informatique, avec un vidéoprojecteur C 419: ?? Présentation généraleLe cours “Initiation à la recherche” (3 ECTS) est une mise en situation dans la position de chercheur. Il se déclinera en 6 ateliers de recherche qui traiteront différents sujets sous la responsabilité d'un encadrant. Chacun des ateliers de recherche vise à développer les compétences suivantes : - Faire l'état de l'art d'un sujet: déterminer le sujet, la question, les problèmes principaux et secondaires, les problèmes intéressants, faire une recherche bibliographique et retracer l'historique des contributions. - Déterminer puis formaliser un problème: poser les définitions, énoncer les résultats à trouver, préciser les hypothèses, clôturer le sujet par généralisations et particularisations. Faire le lien avec d'autres problèmes déjà traités dans d'autres contextes. - Expliquer à son encadrant de stage, à ses collègues une preuve: mettre en évidence les points faciles et difficiles de la preuve, les idées intéressantes et celles classiques. Etre capable aussi de détailler et d'expliciter les points qu'on n'a pas compris. - Comprendre pourquoi ce sujet, cet article est intéressant: Trouver les enjeux du sujet/problème, expliciter les motivations, déterminer les applications, montrer les problèmes intéressants, dessiner les perspectives. - Se familiariser avec le métier de chercheur et d'enseignant-chercheur: comment faire un CV et un dossier optimal pour être recruté comme CR/MCF, quelles sont les règles de la communauté scientifique, qu'est-ce que la fraude scientifique, comment et où publier, les institutions et les financements de la recherche, les MOOC, la Khan académie, les conférences TED, les nouvelles façons d'apprendre, les styles cognitifs, savoir enseigner dans le supérieur, la motivation,...etc.
Description: Chaque étudiant suit:
- un atelier 1ère session : du 19 sept. au 24 oct. Chaque atelier est constitué de 6 séances de deux heures et d’une évaluation qui lui est propre. Les thèmes des ateliers proposés sont détaillés ci-dessous. Planning: chaque mercredi après-midi (2 heures) du 19 septembre 2018 au 19 décembre inclus. Les plannings de chaque atelier sont fixés définitivement par le responsable de l'atelier. Evaluation: L'évaluation est précisée dans le descriptif de chaque groupe de travail. Ateliers 1ère session: du 19 sept. au 24 oct.WG1 Atelier “Distributed biology” / M. FüggerEncadrant: Matthias Függer. Langue: Anglais Salle: C402 Mots clés: biological systems, distributed systems, dynamic systems, convergence, stability Description: We will study and analyze biological systems from a distributed computing point of view. Examples for such systems are the slime mold Physarum, bacterial colonies, etc. The course is organized as a short research project. Les objectifs pédagogiques: The objective is to learn to work within a scientific team. The team will choose a currently open research question, investigate the state-of-the-art and try to tackle the question. Work includes: organization of research meetings on existing work and new ideas, and writing a research paper together. Estimation du volume de travail personnel demandé: Approximately 5 hours per week. Participants: (9) D. Sussfeld; R. Kniazev; C. Hopper; Th. Ardoin; L. Brice; A. Riou; D. Salvy; R. San Roman; N. Lichtlé; P. Béaur. News:
Planning: Group meetings are announced here. Check this page regularly for meeting updates.
Modalités d'évaluation: Students will be evaluated based on their involvement during group meetings (50%), and writeup (50%). WG2 Atelier “Plateformes et algorithmes pour automates finis” / Ph. SchnoebelenEncadrant: Philippe Schnoebelen. Langue: Anglais si demandé Salle: C419. Mots clés: recherche bibliographique, théorie des automates, expérimentations et évaluations Description: Les participants à cet atelier constitueront une équipe chargée de proposer une plateforme logicielle dans laquelle implémenter et tester des algorithmes de manipulation d'automates finis. L’animateur guidera l’équipe lors des réunions hebdomadaires, ainsi que par des échanges email/chat/.. entre ces réunions. Les objectifs pédagogiques: L’objectif est de faire l’expérience d’un travail de recherche collaboratif et de mieux saisir les particularités de cette façon de travailler, ses avantages et contraintes, les règles et principes spécifiques. Concernant la recherche en général, on fera l’expérience du travail de bibliographie, de communication au sein du groupe, de communication vers l’extérieur. Le problème posé combine des aspects relevant du génie logiciel (évaluation des plateformes existantes), de la programmation (on programmera des manipulation d'automates), ainsi que de l'algorithmique et de la théorie des automates. Les attentes individuelles et collectives: On attend de chaque participant qu’il contribue à sa façon et avec ses idées au progrès de toute l’équipe. Estimation du volume de travail demandé: environ 5 heures par semaine de travail personnel, incluant recherche bibliographique; expérimentations; échanges par email avec l’équipe; contributions aux documents communs. Le travail sera: collectif mais l’essentiel du travail s’effectuera, par exemple en binome, en dehors de la réunion hebdomadaire, hors de la présence des autres membres du groupe Participants: (10) L.Buéri; P. Guetschel; Y. Geran; A. Bardes; B. Laboureix; C. Théron; L. Lemonnier; V. Richard; J. Perrin, B. Graillot. Planning: 6 réunions hebdomadaires le mercredi de 14h à 16h, début le 19 septembre 2018. (La séance du 31 octobre sera éventuellement utilisée si une séance précédente est annulée.) Modalités d'évaluation: (1) contrôle continu, basé sur les contributions durant l’atelier et hors de l’atelier durant le travail personnel (50%). (2) par ailleurs chaque participant fera une ou deux présentations orales, typiquement un bref exposé éclairé présentant un résultat de recherche, durant les 6 semaines de l’atelier (50%). WG3 Atelier “Game theory” / S. Le RouxEncadrant: Stephane Le Roux. Langue: French or English as soon as it is better for one student. Salle: C321. Mots clés: Bibliography, search of existing (or new) proofs of famous results, comparison of their respective advantages. Description: We will consider von Neumann's Minimax Theorem and Nash's Theorem on equilibria, and identify on which powerful theorems they rely. We will search the literature to find proofs that are simpler than the classical ones, or try to design new ones ourselves. Typically, we will try to replace topological arguments in a continuous world by combinatorial ones in a finite world. Each student will present one existing (part of a) proof to the others. Search for new proofs will be done by brain storming in the classroom plus thinking at home. Les objectifs pédagogiques: writing a bibliography; teaching each other via oral presentations and written documents; thinking together via brain storming; comparing the advantages of different proofs of the same theorem; setting scientific objectives; summarizing what we know; Sharing the workload in a fair way. Les attentes individuelles et collectives: we are a team, i.e. individual work is a basis for collective success. Estimation du volume de travail demandé: about five hours per week outside of the classroom. Le travail sera: partly individual and partly collective, depending on the team and the specific situations we will face. Participants: (9) C. Geniet; Th. Hilaire; R. Morvan; LI Mengda; C. Mascle; V. Maestracci; E. Plitsis; M. Dufraisse; E. Dezerces. Planning: 6 réunions hebdomadaires le mercredi de 14h à 16h, début le 19 septembre 2018. (La séance du 31 octobre sera éventuellement utilisée si une séance précédente est annulée.) Modalités d'évaluation: Each student will write (part of) an existing proof in their own words (15%) and present it orally to the others (15%); each student is expected to take part in the discussions in the classroom (20%); the students will collectively or individually try to find new proofs (20%); the students will collectively write a short bibliography and a summary of the proofs we will know by the end of the workshop (30%) Ateliers 2ème session: du 14 nov. au 19 déc.WG4 Atelier “Défricher un sujet scientifique / pratique de l'état de l'art et de la bibliographie” / Th. ChatainEncadrant: Thomas Chatain Langue: a priori français, anglais sur demande Salle: C402 Mots clés: état de l'art, synthèse, bibliographie, identification de pistes de recherche Description: Il s'agit de défricher, en binôme, un sujet scientifique assez ouvert en faisant une recherche bibliographique, en identifiant les principaux résultats connus et en dégageant quelques pistes de recherche précises avec des problèmes (partiellement) formalisés. Objectifs pédagogiques: Ce travail sera l'occasion de pratiquer l'état de l'art et la bibliographie, de se familiariser avec les introductions d'articles scientifiques et de comprendre le fonctionnement d'une communauté (identifier les conférences majeures, les sujets qui intéressent la communauté...) Estimation du volume de travail personnel demandé: environ 5 heures par semaine de travail personnel, incluant recherche bibliographique; échanges par email avec l’équipe; contributions aux documents communs. Estimation du volume de travail en groupe demandé: participation à l’atelier hebdomadaire. Le thème de recherche sera choisi par les étudiants avec validation par l’enseignant. Participants: (10) LI Mengda, C. Mascle, V. Maestracci, E. Plitsis, C. Hopper., A.Bardes, M. Dufraisse, L. Lemonnier, P. Béaur, B. Graillot. Planning: de 14h à 16h les mercredis. Modalités d'évaluation: 1/4 recherche bibliographique, 1/4 synthèse des résultats et identification de pistes de recherche, 1/4 présentation, 1/4 rédaction d'une introduction d'article WG5 Atelier “Cell Fate prediction: The Boolean Approach” / Stefan HaarEncadrant: Stefan Haar. Langue: Anglais Salle: C419 Mots clés: bibliographie; bioinformatics Description: In this module, the students will study the state of the art in the interdisciplinary field of epigenetic prediction. The problem is: derive, from available knowledge about a cell's regulatory network, what are the accessible phenotypes, and potentially what are the factors that decide between those. Based on selected authoritative articles - complemented by their own literature search where appropriate - from systems biology and from formal bio-informatics (boolean networks), they are expected to cooperate for preparing a sound and comprehensive in-class presentation of the topic. Participants: (9) R. Morvan, D. Sussfeld, R. Kniazev, Th. Ardoin, P. Guetschel, D. Salvy, C. Théron, R. San Roman, E. Dezerces. Planning: 4-5 réunions hebdomadaires le mercredi de 14h à 16h, début le 7 ou 22 novembre 2018 (les dates seront précisées ultérieurement). Modalités d'évaluation:
Articles (further reading will be announced later):
WG6 Atelier “Veille scientifique et logiques de séparation” / S. DemriEncadrant: Stéphane Demri Langue: a priori Français Salle: C321 Mots clés: logique de séparation, bibliographie, présentations, évaluation, comité de programme Description: Le but de cet atelier est d'étudier des articles publiés en 2018 dans des conférences au sujet de questions relatives à la résolution de problèmes logiques concernant la logique de séparation, qui est une famille de langages d'assertion utilisés pour la vérification de programmes avec pointeurs. On abordera les questions de veille scientifique, d'analyse critique d'articles récemment publiés, du fonctionnement de comités de programmes ou encore de correspondance avec les auteurs. Les objectifs pédagogiques: en s'appuyant sur des articles fraîchement publiés, aborder les questions de veille scientifique, de la présentation d'un article en 10 min, de la présentation d'un article en 30 minutes en insistant sur le panorama des travaux antérieurs et les contributions, de correspondance avec les auteurs, du fonctionnement du mode d'évaluation des articles. Participants: (10) C. Geniet, Th. Hilaire, L. Buéri, L. Brice, Y. Geran, A. Riou, B. Laboureix, N. Lichtlé, J. Perrin, V. Richard. Planning: Début le mercredi 07 novembre 2018. Pas de séance le 14 novembre (pour avoir assez de temps [pour préparer les premières présentations courtes). 6 séances jusqu'au mercredi 19 décembre inclus. Modalités d'évaluation:
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